Ritiro e ritorno
Il 17 aprile 2001, Masini annunciò il suo ritiro dalla carriera di cantautore, giustificandolo con quello che definiva un accanimento della critica e della censura che avrebbe riservato un trattamento persecutorio nei suoi confronti, impedendogli di divulgare i suoi album nei principali canali promozionali. Masini partì comunque a fine aprile per il suo tour del 2001.
L’autunno 2003 segnò il ritorno di Marco Masini con l’etichetta indipendente MBO Music di Mario Ragni, suo scopritore ai tempi della Dischi Ricordi. Il lavoro, presentato alla stampa il 7 ottobre 2003, ha come titolo …il mio cammino, ripercorre la sua storia con nuovi arrangiamenti e si apre con tre canzoni inedite (Generation, Io non ti sposerò e Benvenuta).
Dal 2004 a oggi

Masini sul palco durante un concerto
Masini si presentò, per la quarta volta, sul palco del Teatro Ariston di Sanremo per il 54º Festival della Canzone Italiana con la canzone L’uomo volante, che vincerà. In concomitanza con l’evento uscì sul mercato discografico l’album Masini, ovvero una nuova edizione de …il mio cammino con l’aggiunta di 2 brani inediti, appunto L’uomo volante ed E ti amo, che uscì come singolo nel mese di maggio. Dalla fine di settembre, con la pubblicazione di Masini, cominciò il suo tour internazionale nei paesi europei: Paesi Bassi, Belgio, Lussemburgo, Svizzera, Germania e Austria.
Il 2005 vide Masini partecipare al 55º Festival di Sanremo con il brano Nel mondo dei sogni. Il 10 giugno 2005 uscì, dopo 4 anni e mezzo dalla sua ultima pubblicazione, l’album Il giardino delle api. L’11 novembre uscì nei negozi un singolo estratto da tale album, Rimani così, contenente la sigla del cartone animato Shaman King, in onda su Italia 1, composta e interpretata dallo stesso artista. Nel 2006 incise un brano esclusivamente per il suo fan club, dal titolo Cosa rimane, scritto da Andrea Amati come dedica dagli stessi fan diversi anni prima.
Dopo un tour biennale, svoltosi in estate nelle piazze e in inverno nei teatri italiani e nei club dell’Europa centrale (Svizzera, Germania e Belgio), nel novembre 2006 Masini fu impegnato con Umberto Tozzi nella produzione dell’album Tozzi Masini, contenente tre nuove canzoni scritte a quattro mani, un duetto su T’innamorerai più sei brani di Tozzi reinterpretati da Masini e sei di Masini reinterpretati da Tozzi. Il 27 ottobre 2006 venne pubblicata la raccolta Caro babbo.

Masini durante il tour 2012
Nel 2008 Masini promosse un tour nei teatri italiani per presentare il suo spettacolo recitato, scritto assieme a Beppe Dati, dal titolo Il brutto anatroccolo. Ispirandosi liberamente alla favola di Hans Christian Andersen, Masini ripercorse la propria vita, legando a ciascun momento i brani che meglio si sposavano con il filo narrativo.
Nel 2009 si presentò al Festival di Sanremo con la canzone L’Italia, giungendo finalista. Successivamente pubblicò l’album L’Italia… e altre storie, che contiene il brano di Sanremo e altri 9 inediti, 8 dei quali scritti in collaborazione con Beppe Dati, mentre Gli anni che non hai è stata scritta in collaborazione con Giorgio Faletti. Il 17 aprile a Roma cominciò il tour 2009 del cantautore.
Nel 2010 tornò sul palco dell’Ariston accompagnando Povia nella quarta serata del 60º Festival di Sanremo in una versione acustica del brano La verità. Il 23 novembre 2010, per festeggiare i 20 anni di carriera del cantautore, uscì la raccolta live Un palco lungo… 20 anni!, contenente la registrazione del concerto svoltosi il 14 maggio 2009 al Nelson Mandela Forum di Firenze.
Nel 2011 Masini comunicò l’interruzione temporanea della collaborazione con Beppe Dati, il quale firma solo due brani di questo nuovo album del 2011, e al contempo, l’inizio di una nuova collaborazione con il compositore Antonio Iammarino. Il 27 settembre 2011 uscì il nuovo album dal titolo Niente d’importante, che esordisce direttamente all’8ª posizione della Classifica FIMI Album. Nel luglio del 2012 riceve, a Marina di Carrara, il Premio Lunezia per il tributo a Giancarlo Bigazzi e menzione speciale per il valore musicale e letterario dell’album Niente d’importante.
Nel 2013 fu parte del cast degli artisti in sfida nello Speciale Canzonissima della trasmissione I migliori anni su Rai 1 di cui vinse la finale con un’interpretazione di Cosa resterà degli anni ’80 di Raf. Ad aprile 2013 pubblicò il suo nuovo album dal titolo La mia storia piano e voce, contenente il primo singolo Io ti volevo, che esordisce all’81ª posizione della Classifica FIMI Album, ma che salì la settimana successiva alla posizione numero 15. Nel mese di aprile partì il nuovo tour.
Partecipò al Festival di Sanremo 2015 con il brano Che giorno è, piazzatosi al 6º posto. Nel febbraio 2015, sotto l’etichetta Sony Music, l’artista pubblica Cronologia, una raccolta per celebrare i sui venticinque anni di carriera. L’album composto dal tre dischi contiene 5 brani inediti tra i quali i singoli Che giorno è e Non è vero che l’amore cambia il mondo, quest’ultimo pubblicato il 10 aprile dello stesso anno.
Nel febbraio 2017 ha partecipato al sessantasettesimo Festival di Sanremo con il brano Spostato di un secondo, giungendo in finale e piazzandosi al tredicesimo posto.
Il 29 settembre 2017 viene pubblicato Marco Masini in concerto, l’album live contenente la cover presentata al Festival Signor tenente (singolo lanciato in radio il 15 settembre) e la sua versione del brano scritto per Noemi La borsa di una donna.
A febbraio ha partecipato al Festival di Sanremo 2018, durante la serata dei duetti, per la reinterpretazione di Ognuno ha il suo racconto, brano in gara interpretato da Red Canzian.
Nel giugno 2018 è giurato e coach della prima edizione di Ora o mai più su Rai 1, condotto da Amadeus.
Il 31 dicembre 2019 viene annunciata la sua partecipazione al Festival di Sanremo 2020.
Il 6 Gennaio 2020 annuncia il titolo della canzone in gara: Il confronto. Il brano si classifica 15º.
Il 7 Febbraio 2020 esce la raccolta “Masini+1 30th Anniversary“.

